מדעי החיים והרפואה מדעים מדוייקים וטכנולוגיה מדעי החברה מדעי הרוח

אני יוצר, משמע אני מבין

לשחזר את קסם סידור החלבונים בתוך התא

“זה מחקר שהונע מסקרנות בלבד”, אומר ד”ר עמנואל לוי מהמחלקה לביולוגיה וכימיה מבנית במכון ויצמן למדע. “בביולוגיה חשוב לעצור לפעמים ולשאול את עצמנו: האם אנחנו מבינים את התהליך הזה לעומק, או רק על פני השטח? והמבחן האולטימטיבי של הבנה הוא ליצור מערכת חדשה, שמשתמשת בעקרונות שאנחנו חושבים שאנחנו יודעים, ולהצליח לחזות את התנהגות המערכת לפי העקרונות הללו. הפיזיקאי ריצ’רד פיינמן אמר ‘מה שאני לא יכול ליצור, אני לא מבין’. במחקר הנוכחי, רצינו להוכיח שאנחנו מבינים עד הסוף איך חלבונים מתארגנים לאברונים מוגדרים ללא ממברנות בתוך התא, בתהליך הנקרא הפרדת פאזות. תהליך זה דומה להוספת טיפות שמן למים, כשאפשר לראות את הטיפות צפות על המים ולא מתערבבות איתם. הסיבה לכך שהן לא מתערבבות היא שמולקולות השמן יכולות להיקשר זו לזו חזק יותר מכפי שהן יכולות לקשור את מולקולות המים. בטיפת השמן יש מספר קשרים מירבי בין מולקולות שמן שונות, ולעומת זאת מספר מינימלי של קשרים בין מולקולות שמן למים”.

מה השאלה?
איך חלבונים מסתדרים בתוך התא, ללא ממברנה, בעזרת הפרדת פאזות?

בתא שמר, כמו זה שאנחנו מכניסים לתנור לצורך אפיית לחם, יש כ-5,000 סוגים שונים של חלבונים. במקרה הצורך תאי שמרים יכולים להשתכפל מדי 90 דקות – ופירושו של דבר 50 עד 100 מיליון מולקולות חדשות של אותם חלבונים שיודעים להסתדר בתוך השמר. אלא שהמדע לא מבין עד הסוף את העקרונות המושלים בתהליך הסידור של חלבונים בתאי כל היצורים החיים – משמרים ועד בני אדם. אנחנו יודעים איך חלבונים יכולים להסתדר לאברונים עם ממברנה כמו המיטוכונדריה או הגרעין, אבל מבינים הרבה פחות איך חלבונים מסתדרים ללא ממברנה בעזרת הפרדת פאזות. כדי להבין את הפרדת הפאזות בתאים חיים, ד”ר לוי ועמיתיו הפכו תאי שמרים למבחנות זעירות, שבהן מופקים חלבונים סינתטיים שהונדסו לעבור הפרדת פאזות.

תא שמר

מאפיין חשוב של הפרדת פאזות היא דיאגרמת הפאזות, שמראה את התנאים בהם מתקיימת הפרדת פאזות, ואת אלה בהם היא לא תתקיים. “בעצם חיפשנו את דיאגרמת הפאזות של החלבונים שהנדסנו”, אומר ד”ר לוי. “בדיאגרמת הפאזות של מים, למשל, יש שני צירים: לחץ וטמפרטורה. ב-99 מעלות צלסיוס המים יהיו במצב צבירה נוזלי וב-100 מעלות המים יתאדו לגז. אבל אפשר לאדות את המים גם בטמפרטורה נמוכה יותר אם נוריד את הלחץ. המערכת שלנו עושה את אותו הדבר בדיוק, אבל במקום טמפרטורה ולחץ – ריכוזים של חלבונים מסוג דיאמר וטטרמר, כלומר חלבון הבנוי משתיים או מארבע יחידות בהתאמה. הדיאמר והטטרמר יכולים להיקשר זה לזה, אך אינם יכולים להיקשר לעצמם. אם אחד מהרכיבים קיים בריכוז גבוה בהרבה מהאחר, לדוגמה הדיאמר קיים בריכוז גבוה בהרבה מהטטרמר, כל יחידה המרכיבה את הטטרמר תהיה קשורה לדיאמר אחר ולא תתרחש הפרדת פאזות. אבל אם נשחק מעט עם הריכוז של אחד משני החלבונים – כל טטרמר יקשור דיאמר שמצידו השני יקשור טטרמר נוסף שיקשור דיאמרים נוספים – ואז, כמו קסם, החלבונים יעברו הפרדת פאזות ויופרדו משאר התא כמו שטיפת שמן מופרדת ממים. הטיפות שהנדסנו מאפשרות לנו לגשר על סקאלות שונות של ארגון תאי. אם נקביל את החלבונים לבני אדם, המחקר הזה מראה לנו איך מערכות יחסים בין-אישיות יכולות לשנות את החברה כולה”.

בתא שמר, כמו זה שאנחנו מכניסים לתנור לצורך אפיית לחם, יש כ-5,000 סוגים שונים של חלבונים. במקרה הצורך תאי שמרים יכולים להשתכפל מדי 90 דקות – ופירושו של דבר 50 עד 100 מיליון מולקולות חדשות של אותם חלבונים שיודעים להסתדר בתוך השמר

המדענים אומרים שלמחקר החדש, שזכה במענק מחקר מהקרן הלאומית למדע, עשויים להיות, בעתיד, יישומים מעשיים מאוד – גם מעבר לצורך שלנו להבין את המערכת לעומק. “קודם כל רצינו לשכנע את עצמנו שאנחנו מבינים את המערכת הזאת  על ידי יצירת דיאגרמת הפאזות”, אומר ד”ר לוי. “בשלב השני שאלנו אם שני התהליכים השונים של יצירת חלבונים וקשרים בין חלבונים שונים יכולים להיות מתואמים. הופתענו לראות את מנגנון יצירת החלבונים, הריבוזום, ממוקם ליד טיפת הפרדת הפאזות. זה אומר לנו שחלבונים כבר יכולים להתחיל ליצור קשרים בזמן שהם עדיין נוצרים”.